巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊病理类型。一般而言，如果巧克力囊肿的直径超过2厘米，完全依靠药物清除几乎已属不可能。药物最多仅能控制囊肿不进一步发展，或稍微缩小囊肿或缓解症状。因此，对于病灶直径较大，药物治疗无明显好转者，应及时进行手术治疗。
1、开腹手术：是经典的治疗方法。视病人的年龄、病灶大小、生育情况而做保守性手术或根治性手术。保守性手术保留了子宫及正常的卵巢，为患者保留了生育功能，但同时也留下了复发的隐患。如果行囊肿剔除，手术中应该先以粗针或电动穿刺吸引，吸尽囊内液，或者反复用生理盐水冲洗，以防止囊内容物广泛外溢污染盆腔而引起医源性的扩散种植，待囊内液基本吸尽，囊壁缩小后再行剔除。
2、腹腔镜手术：目前应用日益广泛，已越来越显示出它比开腹手术更有价值，随着腹腔镜设备和器械的改进、操作人员技术的提高，腹腔镜下不仅能完成现在开腹手术的各种操作，而且对患者的干扰小，术后恢复快。手术原则与开腹手术相同。为了使腹腔镜手术便于操作，有时也在术前用一段时间的药物（1-3个月的亮丙瑞林或戈舍瑞林），使囊肿缩小、囊壁变薄、盆腔粘连减轻后再行手术。
3、B超引导下穿刺并注射药物：随着B超设备精度的提高，各种介入性治疗的发展，近年来也开展了在B超引导下经腹部或经阴道行巧克力囊肿穿刺术，抽出其中的囊液，并用生理盐水反复冲洗，然后注入无水酒精或其他腐蚀剂，使囊壁细胞生长活性丧失、变性、坏死，失去分泌功能。由于囊内壁细胞萎缩、脱落和吸收，囊肿可以缩小，反复穿刺注药，甚至可使囊肿完全消失。
在进行手术治疗后，应该再用一段时间药物（3-6个月的亮丙瑞林或戈舍瑞林），以巩固疗效。对于未生育的患者，鼓励其尽快怀孕。
