有些患者B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时就明确告知囊肿是良性还是恶性、确诊是否卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。B超检查可以明确盆腔有无囊肿，囊肿的部位、囊肿的内部结构，但不能确诊内异症。因为内异症与卵巢恶性肿瘤、结核、炎症包块有时很难鉴别。医生可能会根据患者的病情建议做核磁、膀胱镜检查、直肠结肠镜、双肾输尿管B超、CA125等检查。
核磁可以明确直肠、膀胱、输尿管有无受侵及受侵的程度，可以帮助与恶性肿瘤鉴别。内异症常侵犯或压迫输尿管，导致肾盂积水、甚至肾萎缩，慢性肾功能衰竭，双肾输尿管B超及泌尿系统CT有助诊断。对有周期性尿痛、尿频、尿血者做膀胱镜检查，有周期性便血、排便痛者行直肠结肠镜，不仅可以了解膀胱和直肠粘膜是否受累及程度。还可以活检明确诊断。CA125此指标并非癌症的特异性指标，在内异症、子宫腺肌症、炎症等疾病、月经期、孕期等生理情况也会升高。不能单独用于诊断内异症。公认的诊断内异症最好的方法是腹腔镜。不但可以明确诊断，还能切除内异症病灶。当然最准确的诊断要靠术后病理来实现。
既然如此，是否可以不做上述这些检查直接行腹腔镜手术？上述检查虽然不能确诊内异症，但是可以帮助医生排除其他疾病，缩小需要手术的的人群。有助于医生评估内异症的范围和程度，为制定合理的手术方案提供依据。另外不要拒绝医生做妇科盆腔检查，因为有些深部结节内异症影像学检查难以发现，而盆腔检查有助于诊断。
有患者询问自己的巧克力囊肿会不会自然消失？答案是否定的，卵巢巧克力囊肿不会自然消失，即使药物治疗也不会完全消失。能够自然消失的大多是卵巢的生理性囊肿。常见的生理性囊肿有两种，一种叫滤泡囊肿，多见于月经中期，也就是排卵期。另一种是黄体囊肿，多见于月经的后半期或者说黄体期，卵巢的生理性囊肿体积一般在5cm以下，B超提示无回声（临床上也有例外），与月经的周期性变化有关，大多不用治疗2-3个月会自然消失。 所以，不论是有症状做妇科检查时或体检B超首次发现卵巢囊肿，医生会建议患者观察2-3个月再复查B超，排除生理性囊肿的可能。如果卵巢囊肿3个月不能自行消失，医生会建议进一步检查或建议腹腔镜（开腹）手术明确诊断。
